Het water dat verdampt wordt via de ventilator naar buiten afgevoerd als een fijne nevel. Een van de bacteriën die onder meer kan overleven in een recirculerend proceswatersysteem is de Legionella bacterie. Deze bacterie kan onder bepaalde omstandigheden zorgen voor een dodelijke longontsteking. Vanwege dit gevaar geldt volgens de Arbowet de verplichting voor koeltorens om een beheersplan te hebben. Hierin wordt omschreven hoe de risico’s zo veel mogelijk worden geminimaliseerd.

Koeltorens vereisen een specifieke waterbehandeling en controle ter voorkoming van biologische vervuiling, kalk en corrosie. Omdat het open systemen zijn, zijn ze gevoelig voor inkomend of inwaaiend vuil en worden ze continu gevoed met micro-organismen uit de lucht. Hierdoor kan overmatige slibvorming plaatsvinden, en ongewenste bacteriegroei. Onder slib afzettingen kan plaatselijk sterke aantasting van het leidingwerk optreden. Door een goede waterbehandeling en periodieke controle van het water is er toezicht op een goede werking van het systeem met zo min mogelijk problemen en storingen.